Über die Config oder per Kommandozeilenparameter. Nimm' aber trotzdem lieber die 2.1 Beta 4, die ist aktueller.
Bin mir nicht sicher, ob das Problem die Farbtiefe oder die Auflösung ist. Ich empfehle zudem erstmal im Fenstermodus zu starten und mit 1024x768 anzufangen, also:
--window --resolution 1024x768
Damit musst du Warzone 2100 starten. Kannst du machen, indem du eine Verknüpfung bearbeitet und in der Zeile, in der du das Verweisziel angibst, das eben hinten dran schreibst, oder du machst es über die Konsole.